El palacio Cantón fue construido en la primera década del siglo XX como residencia familiar del general Francisco Cantón Rosado. El general Francisco fue uno de los más destacados personajes de su tiempo. Como militar luchó en la Guerra de castas contra los mayas rebeldes. En 1923 la familia Cantón venido el edificio al gobierno de Yucatán. Pero no es hasta 1959 que el palacio Cantón fue inaugurado como museo regional de antropología de Yucatán; desde 1980 se exposición permanente acerca de la sociedad maya prehispánica se presenta en la plaza principal. En la planta alta se ofrecen exhibiciones temporales, talleres educativos y eventos culturales.

El acervo es predominante prehispánico y en un menor porcentaje, colonia, Con fragmentos de retablos, armas, cerámica y monedas