La creación del museo de historia natural, tiene Lugar durante la gestión municipal del contador Herbe Rodríguez, el origen del edificio data de principios del siglo XX, Sus primeras funciones fueron la de casa-habitación, albergar al antiguo colegio de enfermería y es escuela para mecánicos de aviación de la fuerza aire mexicano el Hospital militar alrededor de 1950.
En 1991 se implementaron acciones educativas y culturales promocionando el sitio en escuelas mediante visitas guiadas, Eventos especiales y cine.
Por demanda de visitantes en 1994 se realizó el proceso de reestructuración del museo como lo conocemos ahora. Actualmente cuenta con siete salas permanentes y una temporal.
Sala del universo: en ella se pueden observar los tipos de galaxias conocidas y las características generales de cada uno de los planetas que conforman el sistema solar.
Sala de la era paleozoica: en esta sala se presentan imágenes que escriben la conformación de los continentes, Desde la pangea hasta la actualidad. También se muestran diversas pinturas que muestran a los primeros seres que poblaron la tierra y una colección de fósiles.
Sala de la era mesozoica, Sala de la era cenozoica, sala audiovisual, Sala de la reservación ecológica de Cuxtal, Sala del arrecife alacranes, Sala de exposiciones temporales.
